Возврат сотруднику излишне удержанного ИПН

Бывший сотрудник Духовного управления мусульман Казахстана, работавший в данном религиозном объединении с 1 апреля 2012 года по 1 января 2014 года, представил по прошествии 3 лет справку об инвалидности (II группа). Имеет ли право бухгалтер вернуть удержанные из зарплаты и своевременно перечисленные в бюджет налоги, и если да, то каким образом?

Пунктом 3 статьи 156 Налогового кодекса установлено, что в случае, если льготы, предусмотренные подпунктом 13 пункта 1 статьи 156 Налогового кодекса (в том числе в отношении доходов инвалидов I, II, III групп), не более предела, определяемого в размере 75-кратного минимального размера заработной платы за год, не применены налоговым агентом к доходу физического лица по причине обращения физического лица позже даты удержания ИПН с такого дохода, то физическое лицо вправе в течение срока исковой давности, предусмотренного пунктом 2 статьи 46 Налогового кодекса, пяти лет, представить налоговому агенту, производившему удержание ИПН с такого дохода, документы, на основании которых налоговый агент обязан произвести перерасчет доходов, подлежащих налогообложению.

Но, согласно пункту 198 Правил ведения лицевых счетов, утвержденных приказом министра финансов РК, в случае излишнего удержания ИПН налоговым агентом, на которого возложена обязанность по исчислению, удержанию и перечисл">

...